Selain itu, ada juga rintangan dari pihak ketiga, yaitu Wanda dan Luhde. Wanda adalah sepupu Eko, yang juga seorang kurator dan pemilik galeri seni terkenal di Jakarta. Wanda tertarik pada Keenan, dan berusaha mendekatinya dengan berbagai cara. Wanda juga berencana untuk menggelar pameran lukisan Keenan, dan membawanya ke dunia seni yang lebih profesional.
Luhde adalah seorang gadis Bali, yang merupakan keponakan dari Pak Wayan, sahabat ibu Keenan. Luhde bertemu dengan Keenan, ketika Keenan kabur ke Bali, setelah bertengkar dengan ayahnya. Luhde membantu Keenan untuk menemukan kembali semangat melukisnya, yang sempat hilang karena tekanan dari Wanda dan ayahnya.
Kugy dan Keenan akhirnya berpisah, karena Kugy memutuskan untuk menjadi guru sukarela di sebuah sekolah darurat di pedalaman, yang bernama Sekolah Alit. Di sana, Kugy menemukan dunia baru, yang memberinya inspirasi untuk menulis dongeng petualangan berjudul Jenderal Pilik dan Pasukan Alit. Kugy juga bertemu dengan Remi, seorang copywriter yang menjadi atasannya di sebuah biro iklan di Jakarta, yang kemudian jatuh cinta padanya.
Keenan juga berpisah dengan Kugy, karena Keenan memutuskan untuk tinggal di Bali, dan menikah dengan Luhde. Keenan berhasil menjadi seorang pelukis yang sukses, berkat bantuan Luhde dan Pak Wayan. Keenan juga mendapatkan inspirasi dari dongeng yang ditulis Kugy, yang secara tidak sengaja tertinggal di rumahnya.
Bagian Kedua: Perahu Kertas: Sepenggal Dua Masa
Bagian kedua novel ini menceritakan tentang pertemuan kembali Kugy dan Keenan, setelah beberapa tahun berlalu. Kugy dan Keenan sudah memiliki kehidupan dan pasangan masing-masing, namun masih menyimpan rasa cinta yang tak pernah padam.
Kugy dan Keenan bertemu kembali di Bandung, saat Kugy menghadiri pameran lukisan Keenan, yang diadakan oleh Wanda. Kugy datang bersama dengan Remi, yang sudah menjadi pacarnya. Keenan datang bersama dengan Luhde, yang sudah menjadi istrinya. Pertemuan itu membuat Kugy dan Keenan merasakan kembali getaran-getaran lama, yang membuat mereka bingung dan bimbang.
Kugy dan Keenan kemudian berusaha untuk menjalin komunikasi lagi, dengan saling mengirim surat dan email. Mereka juga saling mengunjungi, baik di Jakarta maupun di Bali. Mereka berbagi cerita tentang kehidupan mereka, dan juga tentang dongeng yang mereka ciptakan bersama. Mereka menyadari bahwa mereka masih saling mencintai, namun mereka juga tidak ingin menyakiti pasangan mereka.
