Namun, di balik persahabatan mereka, ada perasaan cinta yang tumbuh. Kugy dan Keenan saling jatuh cinta, namun mereka tidak berani mengungkapkannya. Kugy merasa tidak pantas untuk Keenan, karena ia merasa dirinya tidak cantik dan tidak istimewa. Keenan juga merasa tidak pantas untuk Kugy, karena ia merasa dirinya tidak sukses dan tidak berguna.
Selain itu, ada juga rintangan dari pihak ketiga, yaitu Wanda dan Luhde. Wanda adalah sepupu Eko, yang juga seorang kurator dan pemilik galeri seni terkenal di Jakarta. Wanda tertarik pada Keenan, dan berusaha mendekatinya dengan berbagai cara. Wanda juga berencana untuk menggelar pameran lukisan Keenan, dan membawanya ke dunia seni yang lebih profesional.
Luhde adalah seorang gadis Bali, yang merupakan keponakan dari Pak Wayan, sahabat ibu Keenan. Luhde bertemu dengan Keenan, ketika Keenan kabur ke Bali, setelah bertengkar dengan ayahnya. Luhde membantu Keenan untuk menemukan kembali semangat melukisnya, yang sempat hilang karena tekanan dari Wanda dan ayahnya.
Kugy dan Keenan akhirnya berpisah, karena Kugy memutuskan untuk menjadi guru sukarela di sebuah sekolah darurat di pedalaman, yang bernama Sekolah Alit. Di sana, Kugy menemukan dunia baru, yang memberinya inspirasi untuk menulis dongeng petualangan berjudul Jenderal Pilik dan Pasukan Alit. Kugy juga bertemu dengan Remi, seorang copywriter yang menjadi atasannya di sebuah biro iklan di Jakarta, yang kemudian jatuh cinta padanya.
Keenan juga berpisah dengan Kugy, karena Keenan memutuskan untuk tinggal di Bali, dan menikah dengan Luhde. Keenan berhasil menjadi seorang pelukis yang sukses, berkat bantuan Luhde dan Pak Wayan. Keenan juga mendapatkan inspirasi dari dongeng yang ditulis Kugy, yang secara tidak sengaja tertinggal di rumahnya.
Bagian Kedua: Perahu Kertas: Sepenggal Dua Masa
Bagian kedua novel ini menceritakan tentang pertemuan kembali Kugy dan Keenan, setelah beberapa tahun berlalu. Kugy dan Keenan sudah memiliki kehidupan dan pasangan masing-masing, namun masih menyimpan rasa cinta yang tak pernah padam.
