Kelas A adalah kelas terbaik yang mendapatkan segala fasilitas dan keistimewaan, sedangkan kelas D adalah kelas terburuk yang harus puas dengan fasilitas yang minim dan diskriminasi. Setiap bulan, para siswa mendapatkan poin yang bisa digunakan untuk membeli barang-barang atau jasa di sekolah.
Jumlah poin yang didapatkan bergantung pada prestasi akademik, olahraga, dan perilaku mereka. Para siswa juga bisa saling bertaruh poin untuk menantang kelas lain atau mengadu nasib di ujian khusus. Tujuan akhir dari semua ini adalah untuk mencapai kelas A dan mendapatkan status yang diidam-idamkan.
Ayanokoji Kiyotaka adalah seorang siswa kelas D yang tampaknya tidak memiliki minat atau motivasi apa pun. Dia selalu mendapatkan nilai rata-rata dan tidak bergaul dengan siapa pun. Namun, sebenarnya dia menyembunyikan sebuah rahasia besar tentang dirinya dan alasan mengapa dia masuk ke sekolah itu.
Dia bertemu dengan Horikita Suzune, seorang gadis cerdas dan dingin yang berasal dari keluarga terkenal. Horikita memiliki satu tujuan: naik ke kelas A dengan usahanya sendiri. Dia tidak suka bergantung pada orang lain atau bersosialisasi dengan teman sekelasnya. Dia menganggap Ayanokoji sebagai orang yang tidak berguna dan mengganggu.
Namun, secara perlahan, dia mulai menyadari bahwa Ayanokoji memiliki potensi yang luar biasa dan bisa menjadi sekutu yang berharga. Bersama dengan Kushida Kikyo, seorang gadis yang ramah dan populer, mereka membentuk sebuah tim yang bertujuan untuk mengubah nasib kelas D.
Di sepanjang cerita, mereka akan menghadapi berbagai rintangan dan tantangan yang menguji kemampuan, kepintaran, dan kepercayaan mereka. Mereka juga akan berinteraksi dengan berbagai karakter yang unik dan menarik dari kelas lain, seperti Ichinose Honami, seorang gadis yang baik hati dan disukai semua orang dari kelas B, Ryuuen Kakeru, seorang pemimpin yang kejam dan licik dari kelas C, dan Sakayanagi Arisu, seorang jenius yang misterius dan manipulatif dari kelas A.
Selain itu, mereka juga akan mengungkap berbagai rahasia dan misteri yang tersembunyi di balik sekolah itu, termasuk tujuan sebenarnya dari sistem yang ada.
