Datuk Maringgih meminjamkan uang kepada Bagindo Sulaiman dengan bunga yang sangat tinggi, dan menipunya dengan cara-cara licik. Ia membuat Bagindo Sulaiman gagal dalam berbagai usahanya, dan mengadukannya ke pihak Belanda. Akhirnya, Bagindo Sulaiman tidak bisa membayar hutangnya, dan terancam dipenjara. Datuk Maringgih kemudian menawarkan solusi, yaitu dengan menikahi Siti Nurbaya sebagai ganti hutangnya.
Siti Nurbaya, yang sangat mencintai ayahnya, rela mengorbankan dirinya untuk menikah dengan Datuk Maringgih, meskipun ia sangat membencinya. Ia tidak mau ayahnya masuk penjara, dan merasa tidak punya pilihan lain. Ia juga tidak tahu kapan Samsul Bahri akan kembali, dan apakah ia masih ingat janjinya. Ia berharap Samsul Bahri bisa mengerti dan memaafkannya.
Pernikahan Siti Nurbaya dan Datuk Maringgih dilangsungkan dengan paksa dan tanpa restu dari keluarga Siti Nurbaya. Siti Nurbaya merasa sangat tertekan dan tidak bahagia. Ia harus tinggal di rumah Datuk Maringgih, yang sangat mewah tetapi juga sangat suram dan dingin. Ia tidak mendapatkan kasih sayang dan penghargaan dari suaminya, yang hanya menganggapnya sebagai barang dan harta. Ia juga sering disiksa dan dilecehkan oleh Datuk Maringgih, yang sangat kasar dan biadab. Ia hidup dalam kesengsaraan dan penyesalan.
Bagian Ketiga: Kematian
Bagian ketiga novel ini menceritakan tentang kembalinya Samsul Bahri ke Padang, dan akhir dari kisah cinta Siti Nurbaya. Samsul Bahri, yang telah lulus dari sekolah dokter hewan, kembali ke Padang sebagai seorang tentara Belanda. Ia mendapat tugas untuk menumpas pemberontakan rakyat Minangkabau, yang dipimpin oleh Tuanku Imam Bonjol. Samsul Bahri merasa bimbang antara menjalankan tugasnya sebagai tentara Belanda, atau bergabung dengan perjuangan rakyatnya.
Samsul Bahri juga masih mencintai Siti Nurbaya, dan ingin menemui dan menikahinya. Ia tidak tahu bahwa Siti Nurbaya telah menikah dengan Datuk Maringgih, dan hidup dalam kesengsaraan. Ia baru mengetahui hal itu ketika ia bertemu dengan Datuk Maringgih, yang menyombongkan diri sebagai suami Siti Nurbaya. Samsul Bahri merasa sangat marah dan sakit hati. Ia berusaha untuk menemui Siti Nurbaya, tetapi dihalang-halangi oleh Datuk Maringgih.
