Briony menyaksikan beberapa adegan antara Cecilia dan Robbie yang membuatnya bingung dan penasaran, seperti saat Cecilia melepas pakaiannya dan menyelam ke kolam untuk mengambil pecahan vas yang dijatuhkan Robbie, atau saat Robbie memberikan surat cinta yang tidak sengaja berisi kata-kata kasar kepada Briony untuk diberikan kepada Cecilia. Briony membaca surat tersebut dan yakin bahwa Robbie adalah seorang maniak yang ingin mencelakai Cecilia.
Malam itu, Briony menemukan Lola, sepupunya yang berusia 15 tahun, yang mengaku diperkosa oleh seorang pria yang tidak dikenalnya. Briony melihat sosok pria yang kabur dari tempat kejadian dan yakin bahwa itu adalah Robbie. Briony melaporkan hal ini kepada polisi dan menyebabkan Robbie ditangkap dan dipenjara. Cecilia sangat marah kepada Briony dan memutuskan hubungan dengan keluarganya. Briony merasa bersalah dan ingin memperbaiki kesalahannya, tetapi tidak tahu bagaimana caranya.
Novel Atonement berlanjut dengan bagian kedua yang berlatar belakang Perang Dunia II di Inggris dan Prancis. Robbie telah dibebaskan dari penjara dengan syarat menjadi tentara dan berperang melawan Nazi. Robbie terpisah dari pasukannya dan berusaha mencapai pantai Dunkirk untuk dievakuasi. Robbie terluka parah dan mengalami halusinasi. Robbie hanya memikirkan Cecilia, yang telah menjadi perawat dan masih mencintainya. Robbie dan Cecilia hanya bisa berkomunikasi melalui surat-surat yang jarang sampai.
Sementara itu, Briony yang sudah berusia 18 tahun juga menjadi perawat dan merawat para tentara yang terluka. Briony masih menyesali kesalahannya dan ingin meminta maaf kepada Robbie dan Cecilia. Briony menulis surat kepada Cecilia dan mengaku bahwa ia telah berbohong tentang Robbie. Briony juga menulis novel berdasarkan kisahnya, tetapi belum puas dengan akhirnya.
Novel Atonement berakhir dengan bagian ketiga yang berlatar belakang Inggris masa kini. Briony yang sudah berusia 77 tahun adalah seorang novelis terkenal yang baru saja menyelesaikan novel terakhirnya, yaitu Atonement. Briony mengungkapkan bahwa novel tersebut adalah kisah nyata yang ia ubah sedikit demi sedikit untuk membuatnya lebih baik.
