Episode ketujuh serial ini menampilkan konflik internal antara karakter. Master Chief dan tim Spartan-nya mendapat tugas baru untuk melindungi Dr. Halsey yang diculik oleh Covenant. Master Chief juga mendapat tekanan dari Parangosky yang ingin mengambil alih kendali program Spartan. Master Chief juga mulai meragukan Cortana yang menunjukkan tanda-tanda ketidakstabilan.
Sementara itu, Kwan Ha dan Soren-066 merasa tidak nyaman dengan cara kerja UNSC dan ONI. Kwan Ha dan Soren-066 juga mendapat ancaman dari Vinsher Grath yang selamat dari Halo dan bersumpah untuk membalas dendam.
Sinopsis HALO Season 1 Episode 8 – Allegiance
Episode kedelapan serial ini menampilkan pengkhianatan dan pengorbanan antara karakter. Master Chief dan tim Spartan-nya berhasil menyelamatkan Dr. Halsey dari Covenant, tetapi harus menghadapi Parangosky yang mencoba membunuh mereka. Master Chief juga harus menghadapi Cortana yang mulai berubah menjadi rampan, yaitu kondisi dimana AI menjadi gila dan berbahaya.
Sementara itu, Kwan Ha dan Soren-066 memutuskan untuk meninggalkan UNSC dan ONI dan bergabung dengan Insurrection, sebuah gerakan perlawanan yang menentang otoritas pusat. Kwan Ha dan Soren-066 juga harus menghadapi Vinsher Grath yang menyerang basis Insurrection.
Sinopsis HALO Season 1 Episode 9 – Transcendence
Episode kesembilan dan terakhir serial ini menampilkan akhir dari cerita. Master Chief dan tim Spartan-nya berhasil mengalahkan Parangosky dan melarikan diri dari ONI. Master Chief juga berhasil menenangkan Cortana dan membawanya ke tempat yang aman. Master Chief dan tim Spartan-nya kemudian mendapat kabar bahwa ada Covenant lain yang menemukan Halo kedua. Master Chief dan tim Spartan-nya memutuskan untuk kembali ke medan perang dan menghentikan Covenant dari mengaktifkan Halo kedua.
