Para advokat hak asasi manusia di dalam dan luar negeri mengecamnya karena mendorong undang-undang amnesti umum yang mengampuni pelanggaran hak asasi manusia yang dilakukan oleh angkatan bersenjata selama kampanye “anti-subversif” Peru antara 1980 dan 1995.
Konflik tersebut merenggut nyawa hampir 70.000 orang, menurut sebuah komisi kebenaran, dengan militer bertanggung jawab atas lebih dari sepertiga kematian tersebut. Jurnalis dan pengusaha diculik, mahasiswa menghilang, dan setidaknya 2.000 wanita petani dataran tinggi menjalani sterilisasi paksa.
Pada tahun 1996, blok mayoritas Fujimori di Kongres membuka jalannya untuk masa jabatan ketiga ketika mereka menyetujui undang-undang yang menyatakan bahwa lima tahun pertamanya sebagai presiden tidak dihitung karena konstitusi baru belum berlaku saat ia terpilih.
Setahun kemudian, Kongres Fujimori memecat tiga hakim Mahkamah Konstitusi yang mencoba membatalkan legislasi tersebut, dan lawan-lawannya menuduhnya menerapkan kediktatoran yang terpilih secara demokratis.
Saat itu, hampir setiap hari terungkap skala besar korupsi di sekitar Fujimori. Sekitar 1.500 orang yang terkait dengan pemerintahannya diadili atas tuduhan korupsi dan pelanggaran lainnya, termasuk delapan mantan menteri kabinet, tiga mantan komandan militer, seorang jaksa agung, dan mantan ketua Mahkamah Agung.
Tuduhan terhadap Fujimori mengarah pada tahun-tahun sengketa hukum. Pada bulan Desember, Mahkamah Konstitusi Peru memutuskan mendukung pengampunan kemanusiaan yang diberikan kepada Fujimori pada Malam Natal 2017 oleh Presiden Pablo Kuczynski saat itu. Dengan mengenakan masker wajah dan mendapatkan oksigen tambahan, Fujimori keluar dari pintu penjara dan menaiki kendaraan sport yang dikemudikan oleh menantu perempuannya.
Kali terakhir ia terlihat di depan umum adalah pada 4 September, meninggalkan rumah sakit swasta dengan kursi roda. Ia memberi tahu pers bahwa ia telah menjalani CT scan dan ketika ditanya apakah pencalonannya sebagai presiden masih berlanjut, ia tersenyum dan berkata, “Kita lihat saja, kita lihat saja.”
