Sesampainya di kursi kepresidenan, retorika keras dan gaya tangan pertama Fujimori awalnya hanya mendapatkan pujian, sementara ledakan bom mobil masih menghantam ibu kota dan inflasi tahunan mendekati 8.000 persen.
Ia menerapkan terapi kejut ekonomi yang sama yang sebelumnya didukung Vargas Llosa, namun ia telah menentangnya dalam kampanye.
Dengan memprivatisasi industri milik negara, Fujimori memotong pengeluaran publik dan menarik investasi asing dalam jumlah rekor.
Dikenal dengan julukan “El Chino” karena keturunan Asia-nya, Fujimori sering mengenakan pakaian petani saat mengunjungi komunitas adat di hutan dan petani di dataran tinggi, sambil menyediakan listrik dan air bersih untuk desa-desa yang sangat miskin. Ini membedakannya dari politisi patrician berkulit putih yang umumnya kurang memiliki sentuhan rakyat.
Fujimori juga memberi kekuasaan penuh kepada pasukan keamanan Peru untuk melawan Shining Path.
Pada September 1992, polisi menangkap pemimpin pemberontak Abimael Guzmán. Apakah layak atau tidak, Fujimori mengambil kredit.
Mengambil alih kekuasaan hanya beberapa tahun setelah sebagian besar kawasan melepaskan kediktatoran, mantan profesor universitas ini akhirnya mewakili langkah mundur. Ia mengembangkan kecintaan yang semakin besar terhadap kekuasaan dan resort ke cara-cara anti-demokrasi untuk mengumpulkan lebih banyak kekuasaan.
Pada April 1992, ia menutup Kongres dan pengadilan, menuduh mereka menghambat upayanya untuk mengalahkan Shining Path dan mendorong reformasi ekonomi.
Tekanan internasional memaksanya untuk mengadakan pemilihan untuk menggantikan Kongres. Badan legislatif baru, yang didominasi oleh pendukungnya, mengubah konstitusi Peru untuk memungkinkan presiden menjabat dua masa lima tahun berturut-turut. Fujimori kembali terpilih pada tahun 1995, setelah perang perbatasan singkat dengan Ekuador, dalam gelombang kemenangan pemilihan.
Para advokat hak asasi manusia di dalam dan luar negeri mengecamnya karena mendorong undang-undang amnesti umum yang mengampuni pelanggaran hak asasi manusia yang dilakukan oleh angkatan bersenjata selama kampanye “anti-subversif” Peru antara 1980 dan 1995.
Konflik tersebut merenggut nyawa hampir 70.000 orang, menurut sebuah komisi kebenaran, dengan militer bertanggung jawab atas lebih dari sepertiga kematian tersebut. Jurnalis dan pengusaha diculik, mahasiswa menghilang, dan setidaknya 2.000 wanita petani dataran tinggi menjalani sterilisasi paksa.
